Klinika Gastroenterologii powstała 1 kwietnia 1970 roku. Jej założycielem i pierwszym kierownikiem był prof. dr hab. med. Jan Hasik – ówczesny kierownik Wojewódzkiego Ośrodka Dietetycznego. W kręgu jego zainteresowań było szeroko pojęte żywienie i jego znaczenie w terapii chorób wewnętrznych, w tym w szczególności - schorzeń przewodu pokarmowego.
Początkowo klinika miał do dyspozycji kilkanaście łóżek. Dopiero w latach 90-tych rozrosła się i dysponowała 35 łóżkami.
Głównym obszarem jej zainteresowań było żywienie, choroby żołądka i dwunastnicy, hepatologia oraz – wraz ze wzrastającą liczbą chorych – nieswoiste choroby zapalne jelit (wrzodziejące zapalenie jelita grubego oraz choroba Leśniowskiego-Crohna). Z czasem Klinika stała się wiodącym ośrodkiem w zakresie diagnostyki i leczenia ww. schorzeń.
Stało się to możliwe m.in. dzięki wprowadzaniu coraz doskonalszych metod diagnostycznych – dzięki powstaniu i rozwojowi Pracowni Endoskopii Klinicznej. Pracujący tam lekarze (przede wszystkim dr Henryk Kozal i prof. Krzysztof Linke) doskonalili swoje umiejętności w liczących się ośrodkach zagranicznych.
Jednocześnie nastąpił rozwój metod obrazowania, dzięki czemu Klinika poszerzyła swoje możliwości diagnostyczne o tomografię komputerową, biopsję cienkoigłową, ERCP, USG. Rozwinęły się nowe metody terapeutyczne takie jak: sklerotyzacja żylaków przełyku, polipektomia i papilotomia.
W 1992 roku po przejściu na emeryturę prof. dr hab. Jana Hasika kierownikiem Kliniki został prof. dr hab. Lech Hryniewiecki, który kontynuował dzieło swojego poprzednika.
Po jego śmierci (1998 r.) Kliniką kierował prof. dr hab. Krzysztof Linke. Za jego czasów wyremontowano oddział, co poprawiło komfort pobytu pacjentów. Jednocześnie kontynuowano i udoskonalano rozpoczęte prace dotyczące zarówno diagnostyki, jak i terapii schorzeń przewodu pokarmowego. Nastąpił też wzrost liczby osób szkolących się w zakresie nowoczesnych technik endoskopowych.
Po odejściu prof. dr hab. Krzysztofa Linke na emeryturę Klinikę objął prof. dr hab. Marian Grzymisławski. Dzięki niemu (wiele lat wcześniej) otwarto na Uniwersytecie Medycznym kierunek dietetyka. W związku z tym prace Kliniki jeszcze bardziej koncentrowały się na znaczeniu żywienia w leczeniu rozmaitych schorzeń. Podkreślić należy, że cały czas zajmowano się i szkolono w zakresie gastroenterologii – m.in. poprzez udział w kursach i konferencjach, na których prezentowano potrzebne umiejętności oraz wiedzę dot. diagnozowania i leczenia schorzeń przewodu pokarmowego.
Po osiągnięciu 70 r.ż prof. dr hab. Marian Grzymisławski kierownictwo Kliniki przekazał prof. dr hab. Agnieszce Dobrowolskiej, która pełni swą funkcję od 1 października 2017 roku.